NEJM:基因組分析解析一種高危白血病亞型
日期:2014-09-12 09:14:27
最近,美國圣裘德兒童研究醫院進行的一項多機構研究表明,在患有最常見急性淋巴細胞白血病(ALL)的年輕人當中,有超過四分之一的人為一種預后不良的高危亞型,這種白血病亞型的患者,可能從廣泛用于其他成年人更常見白血病治療的藥物獲益。相關研究結果發表在最近的《新英格蘭醫學雜志》(The New England Journal of Medicine)。
ALL是最常見的兒童癌癥。本研究主要集中在一種ALL亞型,稱為費城染色體樣ALL(Ph-like ALL)。在2009年,圣裘德科學家與兒童腫瘤學組織(COG)合作,首次在兒童中描述了Ph-like ALL亞型。本研究發現,Ph-like ALL的患病率隨著年齡增長而升高,這種亞型與預后不良有關。該研究對1725名1到39歲之間最常見ALL患者(涉及稱為B細胞的白血細胞,因此稱為B-ALL),進行了詳細的基因組分析。
研究人員還使用下一代測序,來確定引起Ph-like ALL的遺傳學改變,包括一些以前與癌癥沒有關聯的基因。結果強調了Ph-like ALL的遺傳多樣性,但也表明,這些遺傳學改變可影響數量有限的生物信號轉導通路。這些通路可調節基因控制細胞的生長和增殖,在癌癥中這些細胞是被破壞的。
這些研究結果,結合圣裘德兒童研究醫院和其他結構以前的工作,為確定酪氨酸激酶抑制劑(TKIs)是否能幫助改善患者預后的臨床試驗,奠定了基礎。解決這些問題的一項全國性研究,預計在今年晚些時候或2015年初開始。通過靶定激酶,TKIs能夠比化療藥物更準確地殺死癌細胞。
本文通訊作者、圣裘德兒童研究醫院病理學系成員Charles Mullighan博士指出:“我們發現,Ph-like ALL是跨越各種年齡階段的一種常見疾病,我們確定了新的基因組變化,集中在易受酪氨酸激酶抑制劑治療影響的少量信號通路。這些研究結果,為有助于改變患者(不論其年齡)預后的臨床試驗,起了帶頭示范作用。”
TKIs,包括像dasatnib和imatinib這樣的藥物,被廣泛用于治療成人更常見的其他白血病類型。這些藥物也被用于少數Ph-like ALL患者。本研究報道了8名此類疾病患者的經歷,包括7名兒童,他們在不同的醫療中心接受治療。這些患者雖然接受了化療,但白血病仍然持續。當把TKI添加到治療方案當中之后,每名患者都出現了戲劇性的好轉。有5名患者仍然停留緩解期,具有檢測不到的腫瘤。
本文通訊作者、科羅拉多大學醫學院兒科教授、COG ALL 委員會主席Stephen P. Hunger博士稱:“這些結果非常令人興奮,為我們在少數ALL兒童和青少年中開展臨床試驗、檢測TKIs加化療的治療效果,鋪平了道路。”COG和圣裘德的研究人員計劃檢測800名每年都參與COG ALL臨床試驗的兒童,以發現哪些人會從這種治療方法受益。這項臨床試驗預計將在今年或2015年初開放。
Ph-like ALL被認為是一種Philadelphia (Ph)染色體重排,它與ALL的一種不同亞型有關。Ph陽性和Ph樣ALL亞型都有相似的基因表達模式,但是Ph-like ALL患者缺乏BCR和ABL1基因的融合——這是Ph-positive ALL的一個特征。
在這項研究中,患有標準風險B-ALL的1到9歲兒童中,10%為Ph-like ALL。在21到39歲的患者當中,這個百分比隨著年齡的增長而上升。目前一項工作正在確定老年人當中的發病率。
不管他們的年齡多大,與其他B-ALL患者相比,Ph-like ALL患者在疾病發現5年后都較少可能會健康活著。兒童、青少年和年輕成年Ph-like ALL患者的總體存活率是62%,而相同年齡的其他B-ALL患者則是91%。Ph-like ALL患者的無白血病存活率約為47%,而其他患者則為83%。
為了尋找引起Ph-like ALL的遺傳變化,研究人員對42名患者進行了全基因組測序和額外測序,其中包括來自136名患者白血病細胞的RNA。研究人員發現,91%的Ph-like ALL患者有染色體重排或其他的遺傳改變,可激活細胞因子受體或激酶信號。圣裘德研究人員開發出一種稱為CICERO的分析工具,對于遺傳變化的確定起著關鍵作用。激酶是充當細胞中開關的酶。細胞因子受體可調節細胞如何響應稱為細胞因子的生長因子。
圣裘德博士后研究人員Kathryn Roberts博士稱:“我們發現了Ph-like ALL的幾個新亞型,它們的特點是,細胞因子受體或激酶基因發生了改變。”她和圣裘德計算生物學系的研究科學家Yongjin Li博士,是該論文的共同第一作者。
有證明表明,幾種新發現的Ph-like ALL亞型,易受TKIs及其他靶向治療的影響。例如,約12%的患者有ABL1、ABL2、CSF1R和PDGFRB重組基因,眾所周知它們都對dasatnib和相關TKIs有反應。
其他許多Ph-like ALL患者有JAK2、EPOR重排基因和其他基因,可通過藥物ruxolitinib靶定。Ruxolitinib藥物被批準用于骨髓障礙治療,研究人員正在研究將其用于治療各種癌癥。
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