軍科院：小RNA測序鑒定微生物病原體
日期：2014-05-28 09:12:39
最近，研究人員利用小RNA（small RNA，sRNA）深度測序鑒定miRNA在植物和動物基因表達過程中轉錄和后轉錄的調控功能，該技術也是植物和無脊椎動物中發現病毒的有效策略。由于小RNA片段中可能含有來自所有RNA分子的RNA代謝物，如rRNAs，tRNAs，mRNA，snRNA，snoRNA等，那么利用sRNA測序數據就有可能作為一種通用策略來鑒定除了病毒外的多種微生物，包括原核生物和真核生物病原體。為驗證這一猜想，軍科院微生物流行病研究所曹務春所長和童貽剛教授領銜團隊對野外捕獲的虱子和蚊子的sRNA測序數據進行了深入解讀*，成果發表在近期的PLoS ONE上。
在這項研究中，研究人員首先對野外捕獲的虱子和蚊子進行sRNA測序，將深度測序得到的clean reads與NCBI核酸集合（非冗余核酸數據庫）進行Blastn比對。然后將比對的結果進行了in-house Python scripts分析。研究人員提出了一個識別假定病原體的經驗公式。結果發現，不僅病毒還包括感興趣的原核生物和真核生物病原體可以被篩選出，并可被后續的實驗驗證。特別地是，在北京采集的長角血蜱（Haemaphysalis longicornis）中發現一個新的立克次氏體屬（Rickettsia spp.）。
研究結果表明sRNA深度測序數據的再利用可以追蹤病原體的來源或發現出現/再次出現的傳染疾病的新媒介。
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