Nature新聞：是誰阻礙了基因組測(cè)序的臨床應(yīng)用
日期：2014-03-13 13:48:41
測(cè)序整個(gè)人類基因組能為人們揭示與疾病有關(guān)的突變，這樣的信息很可能挽救患者的生命。不過這一技術(shù)也存在著一些缺陷，本周發(fā)表的一項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn)，目前的測(cè)序技術(shù)并不總能捕捉到完整的基因組。這篇文章向人們展示，為患者全面解讀他們的基因組數(shù)據(jù)還面臨著不小的挑戰(zhàn)。
“還有許多問題必須得到解決，這樣才能保證從測(cè)序數(shù)據(jù)中獲得最大的醫(yī)療價(jià)值，”未參與這項(xiàng)研究的醫(yī)生William Feero說。
近年來，隨著測(cè)序成本的大幅降低，對(duì)于普通人來說全基因組測(cè)序也不再遙不可及。日前，斯坦福大學(xué)的研究人員對(duì)志愿者們進(jìn)行了全基因組測(cè)序，以此判斷這一技術(shù)是否能夠鑒定健康人的患病風(fēng)險(xiǎn)。這項(xiàng)研究于三月十一日發(fā)表在美國(guó)醫(yī)學(xué)會(huì)雜志JAMA（Journal of the American Medical Association）上。
心臟病專家Euan Ashley和Thomas Quertermous領(lǐng)導(dǎo)的研究團(tuán)隊(duì)，對(duì)十二名未診斷出遺傳疾病的人進(jìn)行了全基因組測(cè)序，以尋找可能致病的遺傳突變。結(jié)果他們?cè)诿總€(gè)人的基因組內(nèi)都檢出了2-6個(gè)這樣的突變。其中一位女性發(fā)現(xiàn)自己攜帶有BRCA1基因上的突變，由于這種突變與卵巢癌和乳腺癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)高有關(guān)，結(jié)果她選擇將自己的卵巢切除。
不過研究人員也發(fā)現(xiàn)，在已知與疾病相關(guān)的基因中有10–19%并未得到充分測(cè)序。而這種情況可能會(huì)使醫(yī)生們遺漏這些基因中的有害突變。另外，對(duì)于疾病相關(guān)基因中的增加或缺失突變，不同公司給出的結(jié)果有三分之二不一致。這項(xiàng)研究使用的是Illumina公司和Complete Genomics公司的基因組測(cè)序服務(wù)。
解讀上述測(cè)序結(jié)果的臨床意義并不容易。舉例來說，出現(xiàn)到某一突變是否意味著患者應(yīng)改接受進(jìn)一步的檢查呢？該研究團(tuán)隊(duì)中的臨床醫(yī)生們常會(huì)給出不一樣的意見。
“人們普遍認(rèn)為基因組測(cè)序能夠?yàn)獒t(yī)學(xué)界帶來重要轉(zhuǎn)變，對(duì)此我們也非常興奮，”Ashley說。“不過這一技術(shù)的臨床應(yīng)用仍需謹(jǐn)慎，在對(duì)待測(cè)序結(jié)果時(shí)我們應(yīng)當(dāng)認(rèn)真區(qū)分哪些信息是可靠的，哪些信息還需要進(jìn)一步的分析。”
令人高興的是，研究人員發(fā)現(xiàn)全基因組測(cè)序比預(yù)期的成本還低。據(jù)Ashley估計(jì)，測(cè)序一個(gè)人的基因組并解讀數(shù)據(jù)，大約花費(fèi)了一萬一千美元。而且后續(xù)測(cè)試的成本也低于一千美元/人。
盡管目前全基因組測(cè)序還沒有推廣到絕大多數(shù)人群，不過斯坦福大學(xué)剛剛在自己的附屬醫(yī)院里啟動(dòng)了一個(gè)測(cè)序試點(diǎn)項(xiàng)目。首批能用上這一技術(shù)的患者，將是那些出于某種原因需要進(jìn)行遺傳檢測(cè)的人。因?yàn)檫@類檢測(cè)的成本現(xiàn)在已經(jīng)與全基因組測(cè)序的花費(fèi)差不多了。“如果價(jià)格相差不遠(yuǎn)，毫無疑問后者是更好的選擇，”Ashley說。
