首個大型的癌癥lncRNA表達譜分析
日期：2012-08-31 08:12:55
來自斯坦福大學醫(yī)學院等機構(gòu)的研究人員首次繪制了多個癌癥的lncRNA表達譜，并鑒定出多個在不同癌癥類型中差異表達的區(qū)域，它們有望成為重要的癌癥標志物。該研究成果發(fā)表于8月28日的《Genome Biology》上。
在過去幾年，通過癌癥的基因表達譜研究，科學家們已經(jīng)鑒定出多個生物標志物，它們改善了腫瘤的分類和診斷。由于這些研究主要是通過基因芯片來開展，故標志物多集中在蛋白編碼基因。隨著長鏈非編碼RNA（lncRNA）研究的發(fā)展，研究人員也發(fā)現(xiàn)lncRNA傾向于更加組織特異性的表達。這種性質(zhì)決定了它們有潛力成為組織特異性的生物標志物。
lncRNA通常被認為是轉(zhuǎn)錄本長度超過200 nt的RNA分子。這樣，lncRNA就與microRNA、siRNA、piRNA等小分子RNA區(qū)分開來。近期的研究表明，lncRNA在癌癥中扮演重要角色，同時，它們也在表觀遺傳基因調(diào)控和細胞分化上起作用。盡管普遍認為lncRNA是重要調(diào)節(jié)分子，但目前還沒有開展各種癌癥類型的lncRNA表達譜分析。
在這項研究中，研究人員利用高通量測序技術(shù)，對64個腫瘤樣品進行了已知lncRNA和新穎的基因間轉(zhuǎn)錄本的研究。這些實體瘤樣品代表了不同器官的腺癌和鱗狀細胞癌，以及各種軟組織肉瘤。他們從1065個已知lncRNA鑒定出數(shù)百個轉(zhuǎn)錄本，在各種腫瘤類型之間表現(xiàn)出轉(zhuǎn)錄水平的差異，因此有望成為候選的生物標志物。
研究人員還發(fā)現(xiàn)了1071個新穎的基因間轉(zhuǎn)錄區(qū)域，它們也表現(xiàn)出相似的差異模式。之后他們還通過RNA原位雜交進一步評估了在乳腺組織中特異表達的一個新穎轉(zhuǎn)錄本，發(fā)現(xiàn)與低度腫瘤和雌激素受體表達相關(guān)，從而有可能成為一種重要的乳腺癌標志物。
研究人員此次采用的是3SEQ技術(shù)（3’ End Sequencing for Expression Quantification）。它與傳統(tǒng)RNA-seq技術(shù)的區(qū)別在于通過片段化RNA的polyA+選擇，富集了轉(zhuǎn)錄本的3’端。僅每個轉(zhuǎn)錄本的3’端片段被分離和測序，讓這種技術(shù)特別適合RNA片段化的存檔樣品。與RNA-seq相比，這種“序列標簽”的方法也顯著降低了所需的測序深度。
此項研究第一次繪制了多個人類原發(fā)癌癥樣品的lncRNA表達譜，為研究界提供了癌癥表達lncRNA的寶貴資源以及一系列癌癥中表達的新轉(zhuǎn)錄本。
