多名學者推薦全基因組分析轉錄因子功能新技術
日期：2012-08-30 07:56:47
來自北卡羅來納大學教堂山分校，NIH等處的研究人員利用一種新型方法，分析了酵母轉錄因子Rap1在整個基因組中的結合動態，從而可以更好研究這一轉錄因子的功能，這一方法將有助于科學家們實時分析轉錄情況，相關成果公布在Nature雜志上。
對于這一成果，來自法國國家科學研究中心的François Parcy表示，在生物學中，了解轉錄調控的規律發展十分重要，譬如染色質免疫共沉淀測序技術（chromatin immunoprecipitation (ChIP)-seq）或者外顯子測序技術（ChIP-exo）之類的方法，能極大的方便全基因組水平，轉錄因子結合位點的識別……
而另外來自加州大學圣地亞哥分校的Trey Ideker和Rohith Srivas則認為，染色質免疫共沉淀微陣列技術（chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip）或者ChIP-seq都可能擴展轉錄因子TF-DNA相互作用圖譜繪制，但是傳統的ChIP-seq只是檢測到一個TF的比率，無法提出關于相互作用動力學，或者相互作用強度的信息。
這一最新研究則研發了一種被稱為“競爭ChIP”的新方法，這種方法能對DNA-蛋白相互作用的動態作出反應，他們利用這種方法測量了酵母轉錄因子Rap1在整個基因組中的結合動態。
研究人員發現了一系列不同的駐留時間，其中較慢的Rap1動態與轉錄激發耦合在一起，較快的動態與低表達水平耦合在一起。因此，對于傳統ChIP分析來說，看似相同的DNA-結合事件也可能會導致相反的功能后果。
之前這一研究組曾與其他研究者合作，對染色質免疫共沉淀微陣列技術（chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip）進行了一次系統的分析測評。這項測評工作向人們提供了關于染色質免疫共沉淀微陣列技術的權威信息，并讓研究人員深刻認識到該項技術的優勢與局限之處。
測評工作的一個核心因素是測評所采用的樣品，研究人員仔細合成了2種各包含約100個插入（spike-in）序列的基因組DNA，這些插入序列按一系列已知的摩爾比參雜于其中。各組研究人員在檢測這些樣品時并不知道這些插入序列的性質、定量范圍甚至數目。這次系統分析結果表明，該微陣列方法著實可靠有效。他們認為染色質免疫共沉淀微陣列技術令人印象格外深刻的一點是它不僅能發現靶基因，而且還能確定它們的豐度。
“F1000（Faculty of 1000 Medicine）”又名“千名醫學家”，是由美國哈佛大學和英國劍橋大學等全世界2500名國際頂級醫學教授組成的國際權威機構。
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