ACMG：基因芯片分析技術研究進展
日期：2012-06-27 09:16:31
在2012年3月29日美國遺傳醫學學院（American College of Medical Genetics ，ACMG）會議上，猶他大學兒科和病理小組與猶他大學ARUP公司診斷實驗室做了聯合使用Affymetrix基因芯片分析揭示慢性淋巴細胞白血病（Chronic Lymphocytic Leukemia）與10q24.32復發性等位基因缺失（Recurrent Monoallelic Deletion）有關的報告。慢性淋巴細胞白血病（Chronic Lymphocytic Leukemia ，CLL）具有非常多樣化的臨床表型。而通過染色體的畸變類型可以判斷病人屬于哪種CLL亞型，評估預后以及檢測殘留病灶，所以正確識別相關的畸變對于病人管理具有非常重要的意義。基因芯片之所以在CLL預后的重要性中獲得認可，是因為其在檢測拷貝數變異（CNVs）方面具有非常高的分辨率。此項研究中，10例CLL樣本全部由CytoScan HD（Affymetrix）芯片檢測CNVs。其中兩個獨立的樣本中都發現了10q24.32的微觀間質性缺失（submicroscopic interstitial deletions）。這兩個樣本中檢測到的缺失片段大小均在670kb左右。缺失區域包含TMEM180, ACTR1A, SUFU, TRIM8, ARL3, SFXN2, C10orf26, CYP17A1, C10orf32, AS3MT及CNNM2基因。而另一個案例檢測到的10q末端缺失伴有10q24.1的斷裂點。在這些基因當中，SUFU是腫瘤抑制基因，TRIM8是生長抑制基因。它們可能是該臨床顯著缺失區域的候選基因。
隨后，為了調查這些缺失是否是CLL的普遍變化，該小組又用熒光原位雜交（Fluorescence in Situ Hybridization，FISH）的方法針對SUFU和TRIM8基因設計探針，驗證了20余個CLL樣本。FISH結果顯示該區域的缺失在其中3例樣本中有發現，而在30例樣本中的總數為6個（達到20%，包括10q的大片段缺失）。類似的缺失在采用全基因組芯片對23例急性淋巴細胞白血病樣本進行的分析中沒有發現。這些缺失在DGV數據庫中同樣沒有General population注釋，是全新的發現。目前10q24.32復發性缺失是否包含SUFU和TRIM8基因還未知。正因為基因突變對于預后非常重要。如果要建立這些畸變對于預后的意義以及這些基因在CLL發病中的作用，還需要更深入的研究。
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