Nature Genetics：大規模全基因組肝癌調查
日期：2012-05-29 08:25:36
肝細胞癌是最常見的肝臟腫瘤，在世界范圍內腫瘤相關性死亡因素中排名第三，全球每年有超過50萬新患者，中國新病例占了全球所有肝癌病例的一半以上（55%）。目前臨床上最主要治療肝癌的方法是手術切除和肝臟移植，經肝動脈栓塞的化療法則作為第二線治療。但是由于肝癌復發率高、且抗化療藥性強，整體治療效果并不理想。
在最新一期（5月27日）出版的《自然遺傳學》（Nature Genetics）上，分別由中日研究人員領導的兩個國際研究小組針對肝癌展開了大規模的全基因組測序研究，這兩項成果分別是針對乙肝病毒整合機制和病因學對于肝癌相關基因突變模式及復發突變的影響。
在第一篇“Genome-wide survey of recurrent HBV integration in hepatocellular carcinoma”文章中，中國香港大學、新加坡國立大學和華大基因等機構的研究人員對81例HBV陽性和7例HBV陰性的肝細胞癌（HCCs）和鄰近正常組織進行了大規模平行測序，結果發現HBV整合在肝癌中是一種普遍現象，相比于鄰近肝組織（30.7%），腫瘤中HBV整合的頻率要高得多（86.4%）。在HBV基因組中大約40%的HBV斷裂點位于HBV病毒增強子、X基因和核心基因定位的1800bp的區域內。研究人員還發現了復發HBV整合事件，這一點通過RNA測序和Sanger測序在已知和推測癌癥相關TERT, MLL4 和 CCNE1基因上得到了驗證。相比于正常組織，在腫瘤中這些基因的表達上調，表明這些基因可能在癌癥的發生過程中起著非常重要的作用。此外，研究人員還報道了表明一些HBV整合與患者生存相關的數據。
在第二篇“Whole-genome sequencing of liver cancers identifies etiological influences on mutation patterns and recurrent mutations in chromatin regulators”文章中，來自日本理化研究所的研究人員測序和分析了27個HCCs的全基因組，其中25個與乙型或丙型肝炎病毒感染相關，包括2組多中心性腫瘤。盡管在多中心腫瘤中未鑒別出共同的體細胞突變，研究結果表明它們的全基因組置換模式卻是相似的，這表明共有的的病因學背景有可能強有力影響了它們體細胞突變模式，但這些腫瘤是由來自獨立的突變形成的。統計學和功能分析生成了復發突變基因的列表。多個染色質調控因子包括ARID1A, ARID1B, ARID2, MLL和MLL3在約50%的腫瘤中發生了突變。以高的克隆比例頻繁觀察到HBV基因組整合在TERT位點。此研究通過全基因組分析HCCs確定了病因學背景對于體細胞突變和隨后癌變以及對HCCs中染色質調控因子復發性突變的影響。
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