RNA在線處理平臺——wapRNA
日期：2011-12-16 09:04:21
來自中國科學院北京基因組研究所的研究人員發表了題為“wapRNA: a web-based application for the processing of RNA sequences”的文章，報道了他們構建的RNA在線處理平臺“wapRNA”的最新成果，相關研究公布在國際期刊Bioinformatics上。
這項研究由北京基因組研究所胡松年研究員、宋述慧副研究員和生物信息平臺負責人趙文明等人共同完成。wapRNA網站鏈接為http://waprna.big.ac.cn。
RNA作為三個主要的生物大分子之一，是了解生物生長、發育、疾病等重要生命過程的關鍵物質。RNA主要分為兩類，一類是messenger RNA（mRNA），利用自身攜帶的遺傳信息來指導蛋白質的合成；另一類則是通過催化生物反應、控制基因表達、影響染色體結構等來實現自己的功能，這類RNA中研究比較深入和廣泛的是microRNA（miRNA），它通過與mRNA相結合抑制或者降解靶mRNA來實現轉錄后調控。
隨著基因組測序技術的飛速發展，越來越多的科學家想通過研究RNA分子（mRNA和miRNA）的表達變化來探索生物學問題、揭示生命過程和了解疾病發生等。然而，由第二代測序技術產出的海量數據具有更高的軟硬件要求，比如大型計算機、海量存儲、專業的計算機維護人員、適應新數據要求的數據處理軟件、專門的數據分析人員等，這給傳統的生物科學家帶來了新的機遇和挑戰。
研究人員為了解決傳統科學家在海量數據處理方面面臨的問題，針對不同的第二代測序技術（主要有SOLiD和Solexa）和不同的研究對象（mRNA和miRNA），開發了基于網站的RNA在線處理平臺wapRNA。該平臺提供了一套完整的工具，可以使傳統科學家通過在網站上簡單的選擇來完成從RNA原始數據（rawdata）處理到獲得最終結果等一系列數據處理過程，同時還提供了可供用戶下載的每一步數據處理過程結果及統計圖表信息。
此外，研發人員還集成了一些常用的功能分析模塊，比如基因差異表達分析（DEGseq）、代謝通路分析（KEGG）、Gene Ontology分析（Go）和miRNA靶基因預測（Target prediction）等，以及可以在本地執行的程序包，可以方便地在本地計算機上安裝使用。
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