JAMA子刊：同一患者的樣品，不同的NGS檢測結果
日期：2016-12-21 09:30:36
近年來，人們開始利用新一代測序來鑒定癌癥相關的改變，從而指導癌癥治療和預后。然而，美國華盛頓大學的研究人員利用兩家測序公司的產品來分析同一患者的樣品，發現結果竟然大相徑庭。上周，他們于《JAMA Oncology》在線發表了這一初步研究結果。
華盛頓大學Tony Blau領導的團隊利用Foundation Medicine的FoundationOne檢測和Guardant Health的Guardant360檢測來分析9名癌癥患者的樣品。不過，他們發現，只有22%的改變被兩家公司所報告。盡管研究人員指出一種檢測覆蓋更廣泛的改變，但他們懷疑這種不一致來源于腫瘤異質性和報告上的差異。
盡管FoundationOne和 Guardant360檢測都適用于臨床癌癥樣品的測序，但它們有所不同。
FoundationOne檢測測序315個癌癥相關基因的外顯子以及28個重排相關基因的內含子，而Guardant360檢測測序循環游離DNA中的70個基因。研究人員指出，這兩種檢測的特異性高于99%，但敏感性略低。
Blau及其同事招募了9名患者來參與他們的研究，其中5名是乳腺癌患者，另外幾名則分別患有胰腺癌、胸腺癌、肺癌和唾液腺癌。對于胸腺癌患者，這兩種檢測都沒有發現任何遺傳改變。他們在其他患者中總共發現了45個突變，但只有10個（22%）是兩個平臺都發現的。對于其中兩名患者，兩種檢測發現的突變沒有任何重疊。
這些檢測還根據患者的結果推薦可能讓患者受益的藥物。總的來說，兩種檢測推薦了36種藥物，但是不同平臺為同一患者只推薦了9種藥物，而5名患者的推薦藥物沒有重疊。當研究人員將分析限制在報告相同突變的患者時，推薦藥物的一致性增加到62%。
于是，Blau及其同事開始追蹤這些不一致背后的潛在原因。與Guardant360檢測相比，FoundationOne檢測覆蓋更廣泛的突變，但研究人員指出，他們并沒有包括那些只被FoundationOne檢測捕獲的變異。這樣看來，不一致可能歸因于腫瘤異質性以及公司返回變異的差異。
在這篇文章中，研究人員指出Guardant360檢測通常返回低頻率的變異。當研究人員將他們的分析限制在高于1%頻率的變異時，檢測之間的一些不一致消失了。
Foundation Medicine的首席醫療官Vince Miller認為，腫瘤并沒有想象的那么異質。他表示，同一腫瘤不同部位的樣品通常是高度一致的，而單次活檢可捕獲關鍵改變。他認為不一致的部分原因在于腫瘤細胞脫落的速率不固定，故液體活檢無法捕獲。
相反，Guardant Health的高級醫學總監Justin Odegaard則認為，液體活檢所捕獲的低頻率變異代表了實體瘤或轉移瘤中的異質性。他認為，這項研究表明，這兩種方法可能是互補的。
