多篇文章聚焦免疫應(yīng)答背后的表觀遺傳相互作用

日期：2016-11-24 09:02:29

國(guó)際人類表觀基因組聯(lián)盟（IHEC）近日在《Cell》等雜志上發(fā)表了40多篇論文，為人們呈現(xiàn)了原代組織的表觀遺傳數(shù)據(jù)集，以及復(fù)雜人類疾病的細(xì)胞機(jī)制分析。其中，幾個(gè)團(tuán)隊(duì)開始解析免疫細(xì)胞發(fā)育、譜系確定和分化，以及免疫應(yīng)答背后的復(fù)雜表觀遺傳相互作用。

在一項(xiàng)發(fā)表于《Immunity》的研究中，德國(guó)的研究人員借助人CD4+ 記憶性T細(xì)胞的表觀基因組數(shù)據(jù)，研究了記憶免疫細(xì)胞的分化。他們采集了數(shù)名健康女性的血液樣品，通過(guò)流式細(xì)胞儀分選出分化的CD4+細(xì)胞，并利用亞硫酸氫鹽測(cè)序、染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）測(cè)序、RNA測(cè)序及其他方法分析了DNA甲基化和組蛋白修飾，編碼和非編碼RNA表達(dá)以及DNA可接近性模式。

根據(jù)這些研究成果，作者發(fā)現(xiàn)了記憶性T細(xì)胞的線性分化的跡象。“我們觀察到，在（記憶性T細(xì)胞的）分化過(guò)程中，基因組的異染色質(zhì)部分存在與增殖相關(guān)的總體DNA甲基化丟失，”他們寫道，并指出骨髓中的記憶性T細(xì)胞與循環(huán)中的細(xì)胞有著不同的表觀遺傳圖譜。

在另一項(xiàng)發(fā)表于《Cell Reports》的研究中，來(lái)自墨西哥、法國(guó)和西班牙的研究人員將重點(diǎn)放在一種細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞上，分析了CD8+ T細(xì)胞的調(diào)控和表達(dá)特征。他們采集了四名健康嬰兒的臍帶血以及四名成年人的血液樣品，利用ChIP-Seq和RNA-Seq比較了CD8+ T細(xì)胞的組蛋白修飾標(biāo)記和基因表達(dá)譜。

研究人員報(bào)告稱，新生兒版本的CD8+ T細(xì)胞似乎更加接近先天免疫組分，無(wú)論是在表觀遺傳標(biāo)記方面，還是與T細(xì)胞信號(hào)和細(xì)胞毒性相關(guān)的基因表達(dá)。這些結(jié)果也部分解釋了為什么嬰兒更容易患上傳染病。

來(lái)自意大利和荷蘭的團(tuán)隊(duì)則研究了腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄模式，并發(fā)表在《Immunity》雜志上。利用RNA測(cè)序，他們研究了非小細(xì)胞肺癌、結(jié)腸直腸癌的腫瘤浸潤(rùn)CD4+ T細(xì)胞和癌旁正常細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄，比較了調(diào)節(jié)性T細(xì)胞和輔助性T細(xì)胞的模式。分析指出，調(diào)節(jié)性T細(xì)胞的特征與免疫檢查點(diǎn)活性和癌癥病例的預(yù)后不良有關(guān)。

此外，參與BLUEPRINT表觀基因組計(jì)劃的研究人員也在《Cell》雜志上發(fā)表成果，介紹了人類免疫細(xì)胞及其他血細(xì)胞相關(guān)性狀中的變異，這些是通過(guò)大量個(gè)體的遺傳學(xué)、表觀遺傳學(xué)和轉(zhuǎn)錄組分析而檢測(cè)到的。

例如，Sanger研究所牽頭的研究團(tuán)隊(duì)檢測(cè)了多達(dá)197名個(gè)體的CD14+單核細(xì)胞、CD16+中性粒細(xì)胞和CD4+初始T細(xì)胞，繪制了各種免疫細(xì)胞的數(shù)量性狀位點(diǎn)和等位基因特異的調(diào)節(jié)作用。另一個(gè)研究小組則研究了173,500名個(gè)體的紅細(xì)胞、白細(xì)胞和血小板中的變異，發(fā)現(xiàn)它們與心臟病、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎及其他疾病的相關(guān)變異重疊。