用CRISPR 突破ChIP-seq的局限
日期：2015-09-11 09:14:51
生物體內的所有細胞都攜帶著相同的遺傳物質——DNA。不同細胞在轉錄因子的控制下表達不同的基因，從而實現特異性的功能。比如說，神經細胞表達的基因有助于向其他神經細胞傳遞信息，而免疫細胞表達的基因有助于它們合成抗體。
將染色質免疫共沉淀技術與下一代高通量測序技術相結合的染色質免疫共沉淀測序（ChIP-seq），被廣泛用于鑒定基因組中的轉錄因子結合事件。這一技術在功能基因組學和基因表達調控領域起到了關鍵性的作用，但它還存在一定的局限。舉例來說，ChIP-seq級別的抗體并不好找，大多數商業化抗體不能生成有用的數據集。
為了克服這一障礙，HudsonAlpha生物技術研究院和Alabama大學的研究人員開發了一種新技術。他們通過對內源轉錄因子進行表位標記（epitope tagging）來實現ChIP-seq，這一成果發表在九月九日的Genome Research雜志上，文章的通訊作者是Eric M. Mendenhall和Richard M. Myers。
CRISPR-Cas9是細菌在漫長的進化史中演化出的重要防御機制。這個監控體系能夠根據引導RNA的指示，靶標并降解入侵者的遺傳物質?，F在，CRISPR-Cas9已經成為了炙手可熱的基因組編輯工具，幫助世界各地的研究者們解決實際問題。近年來，這一技術已經在多個領域中展現了自己強大的特異性基因編輯能力，催生了大量的重要成果。
研究人員在CRISPR/Cas9的基礎上，建立了針對DNA結合蛋白的CRISPR表位標記ChIP-seq（CETCh-seq）。他們通過這一方法標記了不同表達水平的內源DNA結合蛋白，在肝細胞癌HepG2細胞系中評估了CETCh-seq的實用性。研究顯示，CETCh-seq所得的結果與使用抗體的標準ChIP-seq相當一致。而且這一技術對細胞的轉錄組和轉錄因子表達沒有明顯的影響。此外，研究人員還在乳腺癌MCF7細胞系和小鼠胚胎干細胞中證實了CETCh-seq的可靠性。
研究表明，CETCh-seq可以準確鑒定全基因組范圍的DNA結合蛋白，特別適合研究缺乏高質量抗體的轉錄因子。
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