外顯子組測(cè)序發(fā)現(xiàn)新的單基因疾病
日期：2015-09-08 08:55:51
根據(jù)《美國(guó)人類(lèi)遺傳學(xué)雜志》本周發(fā)表的一篇文章，CHAMP1基因上新獲得的突變可能導(dǎo)致一種疾病，具體特征為語(yǔ)言障礙、智力缺陷和一些罕見(jiàn)的面部特征。
德國(guó)和荷蘭的研究小組對(duì)五名兒童開(kāi)展了外顯子組測(cè)序。這五個(gè)人沒(méi)有親屬關(guān)系，但都有著嚴(yán)重的語(yǔ)言障礙、智力缺陷，以及罕見(jiàn)但類(lèi)似的面部特征。將這些兒童的蛋白編碼序列與其父母進(jìn)行比較，研究人員發(fā)現(xiàn)染色體配對(duì)相關(guān)基因CHAMP1出現(xiàn)了新生的移碼或無(wú)義突變。
作者認(rèn)為，對(duì)于那些癥狀與已知的遺傳綜合征重疊，比如Prader-Willi綜合征或Angelman綜合征，但相關(guān)突變檢測(cè)結(jié)果為陰性的兒童，可以考慮CHAMP1檢測(cè)。“我們認(rèn)為，對(duì)未分類(lèi)或輕度的畸形，尤其是肌張力減退和嚴(yán)重的語(yǔ)言發(fā)展遲緩，應(yīng)當(dāng)考慮CHAMP1檢測(cè)，”他們寫(xiě)道。
許多新生突變都與各種形式的智力缺陷和其他類(lèi)型的發(fā)育遲緩有關(guān)聯(lián)。在這項(xiàng)研究中，研究人員關(guān)注了其中一種形式，它的特點(diǎn)是嘴唇和鼻子異樣，并且說(shuō)話(huà)困難，動(dòng)作改變。
研究人員利用安捷倫的SureSelect XT Human All Exon V5對(duì)每位患者及其父母的基因編碼序列進(jìn)行捕獲，之后利用Illumina的HiSeq 2500或ABI SOLiD 5500XL儀器進(jìn)行測(cè)序。
通過(guò)分析，他們追蹤到13號(hào)染色體CHAMP1基因中的兩個(gè)移碼突變和三個(gè)無(wú)義突變。CHAMP1改變只在患有疾病的兒童中出現(xiàn)，而父母的外顯子組序列中沒(méi)有。出人意料的是，研究人員發(fā)現(xiàn)兩名不相關(guān)的個(gè)體有著相同的無(wú)義突變。
研究人員預(yù)測(cè)，CHAMP1基因的改變可能影響蛋白產(chǎn)物的鋅指結(jié)構(gòu)域。在細(xì)胞分裂過(guò)程中，這個(gè)蛋白通常位于有絲分裂紡錘體中，介導(dǎo)著絲粒與染色體分離的所需的微管相連。不過(guò)，此基因的功能喪失突變卻沒(méi)有出現(xiàn)在各大數(shù)據(jù)庫(kù)中，比如dbSNP136或千人基因組計(jì)劃的序列數(shù)據(jù)。
作者認(rèn)為，與染色體配對(duì)相關(guān)的基因改變往往導(dǎo)致發(fā)育遲緩，表明CHAMP1代表了一個(gè)有吸引力的候選基因。“我們的數(shù)據(jù)進(jìn)一步凸顯了著絲粒和染色體配對(duì)在人類(lèi)神經(jīng)發(fā)育和功能中的重要性。”
