Nature Methods：高分辨率的測(cè)序技術(shù)
日期：2015-03-11 09:02:33
悉尼Garvan醫(yī)學(xué)研究所的研究人員在Nature Methods雜志上發(fā)表文章展示了一種新測(cè)序技術(shù)的強(qiáng)大實(shí)力。文章指出，CaptureSeq（Capture Sequencing）能夠大大提高基因組分析的分辨率，為基礎(chǔ)研究和癌癥診斷帶來革命性的啟示。
CaptureSeq結(jié)合了基因捕獲技術(shù)和深度測(cè)序，是一種靶向性的RNA測(cè)序。該技術(shù)的開發(fā)者們?cè)谶@項(xiàng)研究中，用qRT-PCR、RNA-seq和CaptureSeq對(duì)20種人類組織的長(zhǎng)非編碼RNA進(jìn)行了定量分析。研究表明，CaptureSeq在檢測(cè)和定量低表達(dá)的基因時(shí)特別有優(yōu)勢(shì)。
之前人們以為人類基因組只含大約兩萬個(gè)基因，這些基因是能夠轉(zhuǎn)錄成RNA、翻譯成蛋白質(zhì)的DNA片段。編碼蛋白的基因只占人類基因組的2%，它們的數(shù)量和功能在動(dòng)物界（從線蟲到人）中相對(duì)保守的。
后來科學(xué)家們意識(shí)到，基因組的其他部分含有不編碼蛋白質(zhì)的基因，這些非編碼基因建立了能將人類與線蟲區(qū)分開的復(fù)雜性。在人類發(fā)育和大腦功能的各個(gè)方面，不編碼蛋白的基因都執(zhí)行著重要的調(diào)控功能。這些基因大多只在少數(shù)細(xì)胞中表達(dá)或者表達(dá)水平很低，因此很難進(jìn)行研究。
CaptureSeq能夠準(zhǔn)確檢測(cè)樣本中多個(gè)特定基因的活性，對(duì)微量和瞬時(shí)表達(dá)的基因非常靈敏，分辨率比目前的RNA測(cè)序高很多。這種測(cè)序技術(shù)特別適合研究表達(dá)量少的非編碼基因，在血癌診斷中也有很大的應(yīng)用前景。
在已知某種疾病的致病基因時(shí)，我們就能用CaptureSeq進(jìn)行檢測(cè)，通過基因表達(dá)情況快速確診。舉例來說，用CaptureSeq在血癌中檢測(cè)“融合基因”的出現(xiàn)，能夠?yàn)檫@種疾病的診斷和治療帶來很大的幫助。
融合基因出現(xiàn)在20-30%的癌癥中，而白血病大約有200個(gè)已知的融合基因。目前，醫(yī)生們主要是用擴(kuò)增技術(shù)來檢測(cè)白血病疑似患者。但這樣的技術(shù)一次只能檢測(cè)一個(gè)融合基因，極少有患者檢測(cè)了所有的白血病融合基因。用CaptureSeq同時(shí)檢測(cè)這些融合基因，不僅能節(jié)省時(shí)間和金錢，還可以挽救患者的生命。此外，CaptureSeq也能用于一系列實(shí)體瘤和許多其他的疾病。
