Nat Methods：改變蛋白質研究的強大工具
日期：2015-02-02 09:17:37
近期，《Nature Methods》發布了一種稱為Aquaria的強大工具，利用這一工具，生命科學家們可以利用公開可用的網絡資源，精簡了深入了解3D蛋白結構的過程。延伸閱讀：中科大院士JBC解析重要蛋白復合體結構。
Aquaria項目是由澳大利亞加文醫學研究所和CSIRO的Seán ODonoghue博士與慕尼黑工業大學的Andrea Schafferhans博士共同指導完成。該項目始于2009年，包括一個國際團隊，大約有十幾名程序員和生物信息專家。
Aquaria是建立在蛋白質數據庫（Protein Data Bank）的基礎之上，其中包含超過100,000個蛋白質結構。
ODonoghue說：“蛋白質數據庫是一個很好的資源，含有生命分子過程的豐富細節，但是我們都知道，很少有生物學家能夠充分的利用它。所以我們構建了Aquaria，使這一有價值的信息更容易用以探索發現。”
“我們所做的事情是，把很多額外有用的信息進行分層。例如，我們增加了還沒有結構信息的蛋白質序列，但是類似于蛋白質數據庫中的一些東西。這意味著我們首先必須找到所有這些相似之處。所以，我們分析了超過500,000個蛋白質序列，并將它們當中的每一個與100,000個已知的蛋白質結構進行對比，這給我們提供了大約4600萬個計算機模型。”
“Aquaria是快捷的，它帶有一個易于使用的界面，包含與其他相似資源一樣多的模型。它也允許用戶查看映射到三維結構的其他信息，例如人與人之間的遺傳差異。”
“例如，你可以添加導致蛋白質變化的單核苷酸多態性（SNP），然后精確可視化這些變化發生在蛋白質結構中的什么部位。這為‘為什么DNA編碼一個小變化有時會導致蛋白質完全改變它們的功能’提供了深刻的見解。”
“然后你可以問一些有趣的問題，如‘這組SNPs聚集成三維結構嗎’，這類問題的答案可以設定新的研究方向。”
Aquaria對于范圍廣泛的生命科學家們將非常有用，從醫學研究人員到農業、生物安全、生態和營養學科學家。
Aquaria的靈活性和可擴展性，可讓信息以全新的方式進行組合，快速而容易。科學家所需要做的就是，輸入自己喜歡的蛋白質名稱，然后瀏覽全新的可能性。
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