RNA測序解析白血病轉錄組
日期：2014-03-03 14:20:49
巴塞羅那基因組調控中心Dr. Roderic Guigó領導研究團隊，對慢性淋巴細胞白血病進行了轉錄組分析，獲得了CLL相關基因和突變的功能圖譜。這項工作發表在Genome Research雜志上。
這一項目是西班牙慢性淋巴細胞白血病基因組聯盟的最新成果，該聯盟曾鑒定了涉及CLL發展的主要突變，但當時他們還不清楚這些突變的功能。
白血病是一種造血系統的惡性腫瘤，俗稱“血癌”，是最常見的惡性腫瘤之一。白血病按細胞分化程度可分為急性和慢性兩大類。根據受累的細胞類型，又可以分為粒細胞、單核細胞、淋巴細胞白血病等。其中慢性粒細胞性白血病（CML）占13%，急性粒細胞性白血病（AML）占28%，慢性淋巴細胞白血病（CLL）占30%，急性淋巴細胞白血病（ALL）占13%，其他不典型的占17%。
慢性淋巴細胞白血病CLL起病緩慢，在這種疾病中一些免疫功能不全的淋巴細胞發生了惡性的增生。CLL在歐美白種人中比較常見，患者的發病年齡大多在50歲以上，30歲以下的患者很少見。這種疾病的主要表現是全身淋巴結腫大，脾大，貧血及外周血中淋巴細胞異常增多。
CLL的臨床和生物學表現差異很大。全基因組測序或全外顯子組測序可以為人們揭示CLL中的主要突變，而RNA測序能為人們展示CLL的轉錄譜。在這項研究中，研究人員對98名患者的白血病細胞和健康B淋巴細胞，進行了深度RNA測序。
他們發現在CLL和正常B細胞之間，有數千個轉錄元件發生了差異性的表達，其中包括蛋白編碼基因、非編碼RNA和假基因。轉座元件在CLL中全面擺脫了細胞對它們的束縛。此外，有兩千個基因表現出CLL特異性的剪切模式。研究顯示，CLL中涉及代謝通路的基因得到了更高水平的表達，而剪切體、蛋白酶體和核糖體相關基因被明顯下調。
在此基礎上研究人員將CLL患者分為兩個亞類，一組在較長時間之內不需要治療，而另一組則需要迅速進行治療。進一步分析顯示，這兩組患者之間的差異，來自于淋巴結微環境中的B細胞受體激活。
“我們在對基因組進行功能性分析的基礎上，區分了兩個不同的CLL患者群體。在這兩組患者之間CLL的侵襲性差異很大。理解這種差異背后的分子機制，可以幫助人們為CLL患者提供更個性化的治療，”Dr. Guigó說。
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