基因組所完成開發RiceWiki數據庫
日期：2013-10-24 11:23:13
近日，中國科學院北京基因組研究所章張研究員課題組與北京理工大學、中國林業科學研究院及華中農業大學合作開發完成RiceWiki數據庫。該數據庫是基于維基百科的水稻基因信息平臺，是可編輯且內容公開的公眾注釋系統。研究成果在Nucleic Acids Research雜志發表。
水稻是人類重要的糧食作物之一，同時也是研究農作物及其他相關植物的重要模式生物。因此，水稻成為第一個全基因組測序的農作物。隨著水稻基因組學和轉錄組學研究的深入，先后出現了BGI-RIS，TIGR，RAP-DB和RGKbase等專業數據庫。這些數據庫多是依賴專業人員的編輯更新，不僅費時費力，而且成本也逐漸增加，導致其更新速度遠遠落后于水稻數據的指數增長。RiceWiki數據庫的優勢在于匯集整個水稻研究領域的科研人員的智慧和力量，共同完善水稻基因的相關信息和數據更新，以期構建一部水稻基因的百科全書。
目前，RiceWiki已經整合了兩個水稻栽培亞種的基因數據（O. sativa indica 93–11 和 O. sativa japonica Nipponbare），涵蓋66000多個水稻基因的相關信息。水稻基因的原始資料主要來源于RefSeq （NCBI），Ensembl，RAP-DB和MSU Rice Genome Annotation Project。每個水稻基因的資料由注釋信息、研究該基因的相關實驗室以及參考文獻和結構信息構成。
為了解決著作權的問題，RiceWiki還引入了作者獎勵機制（AuthorReward），不僅可以評價基因注釋信息的質量，還可以提高相關領域科研人員的參與度。RiceWiki允許注冊用戶隨時創造，更新和修改水稻基因信息，明顯的簡化了資料收集，分析和整理的過程，以適應生物學數據的爆炸式增長模式。
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