Nature子刊解碼中國倉鼠基因組
日期：2013-08-23 09:05:49
在Alfred Pühler教授的領(lǐng)導(dǎo)下，來自比勒菲爾德大學(xué)生物技術(shù)中心(CeBiTec)的基因組研究人員，成功地對中國倉鼠（Chinese hamster）的基因組進(jìn)行了測序。研究人員現(xiàn)將他們的結(jié)果發(fā)表了在國際期刊《自然生物技術(shù)》（Nature Biotechnology）雜志上。
CeBiTec科學(xué)主任Thomas Noll相信，他們獲得的數(shù)據(jù)將引起科學(xué)和工業(yè)團(tuán)體的興趣。制藥行業(yè)一直利用來自中國倉鼠的細(xì)胞培養(yǎng)物來生成諸如醫(yī)用抗體等生物藥品。“在未來，解碼的倉鼠基因組將大大推動利用這些細(xì)胞系來生產(chǎn)藥物制劑，”Noll說。
中國倉鼠基因組包含11對染色體。解碼這樣的大型基因組需要生成大的數(shù)據(jù)集，然后利用生物信息學(xué)對其進(jìn)行處理。為了更容易地分析生成的數(shù)據(jù)，比勒菲爾德大學(xué)的研究人員和他們的同事，應(yīng)用了一種全新的程序來對基因組單條染色體進(jìn)行分類。CeBiTe的Karina Brinkrolf博士完成了對倉鼠染色體的測序。在新一代測序儀器的幫助下生成了超過14億短DNA序列。
該項目的領(lǐng)導(dǎo)者Alfred Pühler教授說：“這一項目的主要挑戰(zhàn)是隨后將這些短DNA序列拼接在一起，形成一條總的染色體序列。”這項工作只能用功能強(qiáng)大的計算機(jī)來完成。該項目的參與者、生物信息學(xué)專家Alexander Goesmann博士說：“我們必須完成新的CeBiTec計算機(jī)集群，應(yīng)用新軟件才能確定這一基因組序列。通過解碼倉鼠基因組序列，比勒菲爾德大學(xué)的生物信息學(xué)取得了新的突破。”具有大約23億個堿基，中國倉鼠基因組序列的大小可與人類基因組媲美。
Alfred Pühler認(rèn)為這項研究是CeBiTec研究工作的一項里程碑：“解碼這一倉鼠基因組標(biāo)志著一項重要的CeBiTec計劃成功地完成。這一倉鼠序列可在公共領(lǐng)域獲得，供全世界研究利用。”這一計劃為當(dāng)前針對中國倉鼠細(xì)胞培養(yǎng)物開展研究奠定了基礎(chǔ)，大大提升了比勒菲爾德大學(xué)的地位。維也納國家資源和生命科學(xué)大學(xué)、澳大利亞工業(yè)生物技術(shù)中心已同意開展進(jìn)一步的研究項目。這將讓比勒菲爾德大學(xué)處于極好的位置，為這一激烈競爭的研究領(lǐng)域繼續(xù)做出貢獻(xiàn)。
