英開發出簡化的基因組測序新方法
日期：2012-12-14 09:54:15
英國研究人員簡化了基因組測序的標準流程，首次無需進行文庫制備便完成了DNA（脫氧核糖核酸）單分子測序，而且新方法只要很少量的DNA就能獲得序列數據，用量可低至不到1納克（10億分之一克），僅為常規測序方法的500分之一到600分之一。
文庫制備是指從測序前基因組樣本中提取不同長度的DNA片段，這一過程不僅費力、費時，還會浪費DNA，而新技術能極大地減少DNA的損耗，并縮短測序時間。
該研究論文的第一作者、英國威康信托基金會桑格研究所的保羅·庫普蘭說：“我們用這種方法對病毒和細菌的基因組測序后發現，即使在相對較低的水平，我們也能夠確定所檢測的是何種有機物，不論樣本中是否存在特定的基因或質粒（這對于確定抗生素耐藥性很重要），或者其他信息，如對特定DNA堿基的修改等?！彼硎?，一旦技術得到優化，將在快速、高效地識別醫院和其他醫療場所中的細菌和病毒方面具有很大的應用潛力。
研究小組利用第三代單分子測序系統PacBio RS演示了這種簡化的直接測序方法。他們僅僅用800皮克（千分之一納克）DNA來分析一個生物體的基因組，盡管測序儀只讀取了基因組的70個序列片段，相對于常規測序方法獲得的數據來說不過是很小的一部分，但這些信息足以讓研究人員確定他們所檢測的生物體的品種。
這項技術也使得科學家能夠對此前無法識別的宏基因組（也稱微生物環境基因組）樣本中的生物體進行確認。“為微生物測序，首先需要能夠在實驗室中培養它們?！闭撐牡闹饕髡摺⒂筒祭瓭h研究所的塔米爾·錢德拉說，“這不僅耗費時間，而且有時候微生物不生長，為它們的基因組測序極其困難。”他表示，新方法可以直接對微生物測序，短時間內便可確定其“身份”。
論文的另一主要作者、威康信托基金會桑格研究所的哈羅德·斯維爾德洛說：“我們的技術可以在對所測序列沒有任何先驗知識、沒有特定微生物試劑的條件下，在很短的時間內操作，這是一種很有前途的替代手段，可應用于控制感染等臨床需要?！?/SPAN>
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