單細胞分析揭示生物學全新復雜性

日期：2012-08-10 08:10:37

微流體PCR和DNA測序讓我們能夠從大細胞群中挑出單個的細胞進行分析?，F(xiàn)在研究人員正在生物學中發(fā)現(xiàn)全新水平的復雜性。

上接：多篇Nature文章聚焦單細胞分析技術

為了實行這種單細胞分析，Navin實驗室利用了一套系統(tǒng)，包括流式細胞分選單細胞或細胞核、激光捕獲顯微切割、全基因組擴增和新一代測序。“單細胞測序將深遠地改變我們了解復雜的細胞群。例如癌癥的方式?！贝送?，利用單細胞測序研究人員還能夠用罕見及有價值的樣品例如癌癥干細胞或循環(huán)腫瘤細胞來開展研究?！霸谶@種情況下，標準方法將不會有足夠的輸入材料來發(fā)揮功能。不過，在這些工具準備進入臨床應用前，仍然需要更多的努力來減少與擴增相關的錯誤?！?/SPAN>

在冷泉港實驗室，Navin的前博士后顧問Michael Wigler應用演化的觀點來研究了癌癥形成的遺傳學。研究生Timour Baslan 說：“癌癥研究人員之間有一個共識即腫瘤是通過獲得導致失控性擴增的體細胞突變而進化的。但對于這一進化過程實際發(fā)生的機制普遍缺乏了解。我們的理由是，因為自然選擇作用于個體，因此致瘤過程對單細胞發(fā)揮了作用，最終導致了腫瘤群。因此要全面掌握腫瘤演變必須要了解單個細胞?！?/SPAN>

Wigler研究小組發(fā)現(xiàn)單細胞測序可以生成不同細胞類型的有價值的功能信息。Baslan說：“例如，通過測序來自成對原發(fā)和轉移樣品的單個細胞的基因組，我們確定了在原發(fā)腫瘤中更密切匹配轉移性腫瘤基因組標記的單細胞基因組。在這個特定的實例中，我們可以推測出這些單細胞的功能是種植轉移性腫瘤。”Wigler研究小組還利用成像技術通過表型鑒別了細胞，進而可以將表型與單細胞基因組信息關聯(lián)到一起。

最終，單細胞測序有可能會在癌癥的診斷和治療中成為重要的臨床和治療工具。Wigler研究小組正與紐約紀念斯隆-凱特琳癌癥中心(MSKCC)的Howard Scher展開合作，利用臨床試驗中來自患者的樣品。Baslan說：“我們正在繪制患者血液中循環(huán)腫瘤細胞的圖譜。從長遠來看，我們的目的是將來自循環(huán)細胞的單細胞測序數(shù)據(jù)與臨床參數(shù)關聯(lián)起來?！?/SPAN>

此外，Wigler研究小組還與俄亥俄州立大學的Lyndsay Harris一起采用單細胞測序作為工具監(jiān)控了患者腫瘤對治療的反應。Baslan 說：“在未來，有可能會出現(xiàn)更多的應用程序，尤其是更多搜尋患者材料的非侵入性方法。其中一個例子是我們與MSKCC的Larry Norton博士合作，檢測了利用細針抽取研究癌癥基因組圖譜的可能性。我們希望通過以非侵入方式獲得單個癌細胞并繪制出圖譜在不久的將來幫助指導臨床中的治療決策?！?/SPAN>

解開DNA發(fā)夾

一些可實現(xiàn)單個DNA分子測序的新技術，即所謂的單分子測序也迅速地發(fā)展成為了單細胞分析的工具。單分子測序的一個有吸引力之處在于它繞開了擴增，減少了時間、成功和潛在的錯誤。一個例子是ABCD生物物理學實驗室研究主任、巴黎高等師范學校（ Ecole Normale Superieure）生物學和物理學系教授Vincent Croquette及同事們開發(fā)的一種DNA發(fā)夾測序技術。

他們的發(fā)現(xiàn)并非完全有意的?！白畛?，我們設計了一個實驗用一個發(fā)夾來研究DNA復制，”Croquette說。他們利用磁鑷子“解開”DNA發(fā)夾，DNA發(fā)夾的一端固定在一個表面。另一端在磁珠上。“DNA發(fā)夾是對復制叉的最小的物質，通過磁鑷子可將兩臂拉開?！碑斢么帕l(fā)夾解開時，互補寡核苷酸能夠與發(fā)夾鏈雜交，阻止當拉力減小時發(fā)夾再拉上。測量對再拉上的阻礙可使他們鑒別出何時已知的DNA片段雜交到了發(fā)夾上。通過利用他們的方法以及一種互補寡核苷酸連接的周期循環(huán)，這種寡核苷酸延伸了與發(fā)夾結構雜交的引物，從而他們能夠獲得一個未知片段的單分子序列。Croquette說：“我們還必須提高它的通量和讀長以使其具有競爭力。原則上，它能夠處理非常小量的材料，它的確具有單分子靈敏度?！?/SPAN>