植物小分子RNA整合分析軟件psRobot
日期：2012-07-05 08:00:52
植物小分子RNA主要包括microRNA和小干擾RNA，在基因的轉錄和轉錄后調控過程中具有重要作用。第二代測序技術的逐漸成熟和廣泛應用極大地推動了小分子RNA相關研究的發展，對不同組織和材料中的小分子RNA進行深度測序已成為研究小分子RNA的常規手段。因此，針對這些數據的生物信息學分析成為了研究者們面臨的日益突出的問題。
中國科學院遺傳與發育生物學研究所王秀杰課題組的研究人員開發了一套在線的小分子RNA整合分析軟件psRobot。該軟件僅需要用戶提交小分子RNA的成熟體序列，就可以借助多種預存的高通量數據系統的鑒定這些小分子RNA是否為microRNA（或具有發夾結構前體的小RNA）以及它們的靶基因情況。該在線工具主要分為兩個功能模塊，第一個功能模塊提供與小分子RNA本身相關的信息，包括小分子RNA在參考基因組上的定位以及莖環結構的位置、在不同小分子RNA合成蛋白突變體或AGO結合實驗中的表達水平等。用戶可以基于上述分析結果來判斷小分子RNA的產生與作用過程。第二個功能模塊進行小分子RNA的靶基因預測，提供包括參考序列庫中的所有靶基因位點列表、靶位點的多重性、靶位點的保守性以及降解組數據等生物實驗數據信息。通過以上工具用戶可以方便地獲得所分析的小分子RNA的產生過程、作用機制以及具有的生物學功能等信息，為系統地研究小分子RNA的功能提供了極大的便利。
該研究在線發表于英國生物信息學期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）（DOI:10.1093/nar/gks554）上。王秀杰課題組的博士生吳華君和馬英克為論文共同第一作者。
該項研究得到了國家自然科學基金，中科院和農業部項目等的經費資助。
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