利用蛋白芯片鑒定蛋白-DNA相互作用
日期：2011-05-05 08:28:49
冷泉港實驗方案《Cold Spring Harbor Protocols》5月刊新鮮出爐。本期照例有兩篇精選文章可供大家免費查看。一篇是利用蛋白芯片鑒定蛋白-DNA的相互作用，另一篇是對腎臟發育的成像。
Characterization of Protein–DNA Interactions Using Protein Microarrays
這篇實驗方案是由約翰霍普金斯大學醫學院的朱恒（音譯，Heng Zhu）博士領導的研究小組提供的。
蛋白-DNA相互作用（Protein-DNA interactions，PDIs)是調控生命功能的重要機制，對細胞的分化發育、功能的維持以及細胞活性的維持都具有重大的意義。朱恒博士領導的研究小組在此介紹了一個利用蛋白芯片技術鑒定PDIs的實驗方案。
此方案具體介紹了雙鏈DNA的設計和制備，雙鏈DNA探針的制備，DNA探針與蛋白芯片雜交，并分析所產生的蛋白-DNA相互作用。此方案能夠同時鑒定數千個蛋白的蛋白-DNA相互作用，而多個精心設計的DNA探針也能平行檢測，實現了蛋白質組范圍的PDIs快速分析。
朱恒研究小組曾利用此技術系統分析了人類蛋白-DNA的相互作用圖譜。他們在460個基因序列上發現了17718個蛋白-DNA作用現象，它們調控各種轉錄過程。這些蛋白可歸為4191個類別。當時的研究成果發表在《Cell》雜志上，并被列為亮點研究推薦。
Imaging Kidney Development
這篇實驗方案改編自冷泉港出版社最近出版的《Imaging in Development Biology : A Laboratory Manual》一書，是由哥倫比亞大學醫學中心的Frank Costantini、牛津大學的Shankar Srinivas及其同事提供的。
腎臟的發育包含了一些細胞譜系的相互作用以及復雜的形態發生過程，如輸尿管芽發育成腎盂，分支形成腎盞、再分支形成小盞、集合管，而間充質祖細胞分化形成腎上皮。小鼠腎臟作為實驗系統的一個主要優勢在于，它能夠在培養過程中發育。而熒光蛋白的出現也為觀察器官培養中特定腎臟結構的形態發生提供了工具。
在本方案中，研究人員介紹了兩類表達熒光蛋白的轉基因小鼠，來觀察不同的細胞譜系和發育過程。一類是以特定基因的形式表達熒光蛋白的轉基因小鼠，另一類是Cre報告基因小鼠，它通過Cre重組酶活性打開了細胞中的熒光蛋白。
在本期CSHL中，另一篇實驗方案詳細地介紹了胚胎小鼠腎臟的解剖、體外培養和成像，可惜不能免費看全文，訂閱用戶才能看。
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