超級計算機助力新藥發現
日期：2011-02-17 11:22:48
田納西大學-橡樹嶺國家實驗室分子生物物理學中心的杰羅姆·鮑德利領導的研究團隊對一種廣泛使用的現有軟件進行改編，以用于像橡樹嶺國家實驗室裝備的“美洲虎”這樣的超級計算機，對海量分子數據庫進行篩選，并確定可以作為潛在藥物候選分子的化合物。
這一研究結果發表于近期出版的《計算化學學報》。
“我們的研究彌補了超級計算機與像人類基因組計劃這樣的現有分子數據庫海量數據之間缺失的一環，”鮑德利表示，“我們面臨雪崩式的數據，現在需要將這些數據轉化為知識。”
這種轉換是藥物開發第一階段的關鍵所在，研究人員通常在此階段尋找與體內靶點相互作用的適宜化合物，靶點通常為一種蛋白質。如果這種化合物是合適的，將會附著到蛋白質上，并在細胞內產生理想的效果。
但對數千種已知蛋白質和數百萬中可能作為潛在藥物的化合物來講，可能的組合是一個天文數字。
“用實驗來測定這些相互作用非常昂貴和費時，”鮑德利表示，“但使用超級計算機，我們一天可以處理數百萬個分子?！?nbsp;
快速高效的分子處理為科學家們提供了冒著風險研究之前未經檢測的藥物候選分子的一個機會，可能導致開發出多元化和創新種類的藥物。
“在此之前，由于分子不具備滿意的特性，我們扔掉了很多信息，”鮑德利表示，“現在，可以對每一個分子進行檢查，不必擔心浪費資源?！?nbsp;
通過獲得國立衛生研究院支持的一項協作計劃，研究人員已經著手將這一研究變為事實。項目團隊計劃使用橡樹嶺國家實驗室的超級計算機尋找可能治療前列腺癌的化合物。這一研究由NIH臨床轉移科學獎勵計劃資助，這項研究由喬治城大學和霍華德大學牽頭，主要參與方包括橡樹嶺國家實驗室、MedStarHealth組織和華盛頓特區退伍軍人醫療中心。
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