讓RNA病毒無法肆虐，韓科學(xué)家建立PCR引物數(shù)據(jù)庫
日期：2016-12-30 08:56:39
韓國大邱慶北科學(xué)技術(shù)學(xué)院（DGIST）的研究人員建立了一個全面的遺傳信息公共數(shù)據(jù)庫（MTPrimerV），可用于RNA病毒的檢測和鑒定。在面對未來的公共衛(wèi)生事件時，這個數(shù)據(jù)庫將是很有價值的工具。
RNA病毒可能引起許多傳染性的疾病，包括流行性感冒、脊髓灰質(zhì)炎和麻疹。近年來，許多新的致命疾病都由RNA病毒引起，最為人所熟知的是急性呼吸綜合征（SARS）和中東呼吸綜合征（MERS），兩者都造成嚴(yán)重的健康和經(jīng)濟(jì)影響。
2002年，中國南部爆發(fā)了嚴(yán)重的SARS疫情。最終，SARS病毒造成37個國家的774人死亡。去年，MERS病毒在韓國肆虐，造成旅游業(yè)收入銳減40%，對國民經(jīng)濟(jì)造成不利影響。
在這兩種情況下，疾病的快速傳播是由于病毒無法得到快速可靠的診斷。在疫情爆發(fā)時，準(zhǔn)確的病原體檢測和鑒定是必須的，有助于了解和控制疾病，從而盡量減少它對公共衛(wèi)生的影響。
因成本低、靈敏度和特異性高，PCR技術(shù)被廣泛用于病毒鑒定。在PCR鑒定中，引物設(shè)計(jì)是相當(dāng)重要的一環(huán)。然而，現(xiàn)在只有極少的在線數(shù)據(jù)庫提供了RNA病毒的高質(zhì)量引物，而且對應(yīng)用方面也有某些限制。
為了滿足這種需求，大邱慶北科學(xué)技術(shù)學(xué)院的Min-Soo Kim和JaeHyung Koo建立了一個全面的PCR引物數(shù)據(jù)庫，以便更快速、更高效地檢測和鑒定RNA病毒。他們在《Nucleic Acids Research》上介紹了這一成果。
這個名為MTPrimerV的數(shù)據(jù)庫包含了152,380,247對PCR引物，可檢測1818種病毒，覆蓋7144個基因編碼序列或CDS，這些序列是編碼蛋白質(zhì)的DNA或RNA中的一部分。
據(jù)介紹，這些引物能夠檢測NCBI RefSeq數(shù)據(jù)庫中包含的100%的RNA病毒。此外，MTPrimerV中的每對引物都經(jīng)過了人和病毒序列的嚴(yán)格相似性檢驗(yàn)，確保引物是高度特異性的。同時，MTPrimerV對最佳引物進(jìn)行排序，這樣用戶在單重PCR時只需挑選第一對引物，在雙重PCR時挑選前兩對引物即可。
“我們相信，MRPrimerV的開放將促進(jìn)病毒的宏基因組學(xué)研究，了解病毒的變異等等，并促進(jìn)人們在未來更高效地應(yīng)對流行病，”研究人員總結(jié)道。
