Nature發布測序重要成果
日期：2015-11-16 08:55:31
發布在11月11日《自然》（Nature）雜志上的一篇新研究論文，報告了Oropetium thomaeum幾乎很完整的基因草圖。Oropetium thomaeum是一種耐旱草類，在遭受極端干旱后當獲得水分之時會再度生長。
Donald Danforth植物科學中心研究人員及合作者，采用PacBio RS II測序系統以72x覆蓋度分析了這一植物245 Mb的基因組。序列組裝達到99.99995%的精度，包括了端粒和著絲粒序列、長末端重復序列反轉錄轉座子、串聯重復基因，和其他難于組裝的基因組元件。通過Pacific Biosciences公司“世界上最有趣的基因組”資助項目測序這一植物，幫助科學家們確定了Oropetium thomaeum極端耐旱背后的生物學機制，這一知識有潛力應用于作物改良中。
資深作者Todd Mockler說：“我們之所以會向PacBio提出測序復活草Oropetium thomaeum這一想法，是因為在草類中它具有最小的基因組。獲得一種高度耐旱物種的基因組草圖可非常強有力地推動作物改良，并為植物比較基因組學研究團隊提供了一個有價值的資源。通過這次合作獲得的信息是努力在不影響收益的條件下，持續提高重要糧食和能源作物在干旱條件下生存能力的重要一步。”
這一草類之所以被稱作為復活植物，是因為它能夠在沙漠樣的條件下存活；甚至在看起來毫無生氣時，它仍然有三分之一的初始含水量。這種微小的C4草生長在非洲和印度部分地區的外露巖石上，與主要糧食作物、飼料作物和生物能作物親緣關系密切，給予少量的水它就能復原，重新開始生長。這一Oropetium基因組序列將可以幫助了解新耐旱機制以實現有效、高產的農業土地利用。
Pacific Biosciences公司首席科學官Jonas Korlach說：“我們的客戶告訴我們，單分子實時(SMRT)測序可以幫助他們獲得有關研究生物體的全新研究發現。擁有高質量的基因組序列裝配，靶向測序極其復雜的區域，及研究全長亞型及表觀遺傳學的能力，PacBio技術描繪出了其他測序技術無法提供的真正全面的生物學視圖。”
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