新方法揭示了隱藏的調控分子細胞
日期：2015-08-04 11:43:31
一個最近發現的小RNA分子,其中一些已經與癌癥的發展過程中,剛剛得到新的核糖核酸測序技術由加州大學圣塔克魯茲分校的研究人員開發的。
8月3日發表的一篇論文中描述的技術《自然方法》提供敏感檢測小分子rna的化學改性后(甲基)基因組的轉錄。研究人員使用技術揭示大量的修改片段來自轉移核糖核酸分子在酵母細胞和人類細胞。
“轉移rna是所有生物中最大量的小分子rna,和原來細胞只是散落著小塊。我們發現許多塊隱藏從標準分析由于修改的RNA,”一個在加州大學圣塔克魯茲分校生物分子工程項目科學家。
資深學者托德•勞生物分子工程的教授和主席說,RNA研究的方法打開一個快速增長的領域。“與我們的方法,增加三倍以上的整體檢測轉移核糖核酸片段,”他說。
轉移核糖核酸是幾十年前一個定義良好的作用,加上信使RNA和核糖體核糖核酸,在DNA編碼的遺傳指令翻譯成蛋白質。發現的由微RNARNA干擾和基因調控,然而,徹底改變了科學家對RNA基因調控和其他細胞功能的作用。自那時以來,豐富和多樣性令人眼花繚亂的小分子RNA在細胞被發現,科學家們仍在努力解決他們都是做什么的。
“在過去的五年里,我們開始看到,轉移rna不僅是基因翻譯成蛋白質,他們被切成碎片,做其他事情的細胞,”羅伊說。“就在最近的一個子集,這些碎片被發現抑制乳腺癌的進展。”
轉移核糖核酸片段可以使用高通量測序技術檢測和分析。但一個關鍵的步驟,RNA序列協議是被某些RNA修改涉及添加甲基,而這些修改轉移RNA中十分普遍。加州大學圣克魯斯分校的研究人員和他們的合作學者在羅切斯特大學醫學院研發了一種酶的方法,刪除那些測序前修改。
使該方法更強大,UCSC的團隊開發了一個測序數據的計算分析,可以識別和特定的修改,看看他們是多么常見的。他們用這種方法來準確預測之前記錄轉移核糖核酸酵母修改模式。將這項技術應用于人類細胞,他們能夠記錄大量的先前未映射的修改。
“在人類基因組中,這個特殊的修改只有被映射在10到15%的轉移rna,與我們的方法能夠幾乎他們所有人。它的發現極大地加快步伐,”羅伊說。
勞指出,該項目利用加州大學圣塔克魯茲分校的專業技能在兩大領域,生物學和基因組RNA。他的實驗室隸屬于加州大學圣克魯茲基因組學研究所和RNA的分子生物學中心。
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