一種診斷原發性免疫缺陷病的新方法
日期：2014-12-22 08:58:21
在臨床實踐中，原發性免疫缺陷病（PID）的準確診斷通常很困難，因為臨床癥狀多樣且當前的診斷過程復雜。為此，瑞典烏普薩拉大學等機構的研究人員開發出一種新的測序捕獲分析，能夠作為一線檢測，來診斷引起PID的突變。這項研究成果近日發表在《PLoS ONE》上。
烏普薩拉大學Mats Nilsson領導的研究團隊利用安捷倫的HaloPlex技術和Illumina測序，創建出一個179個基因的集合來分辨33名個體的突變狀態。Nilsson及其同事寫道，這種分析能夠找到78%患者的缺陷基因或突變。
原發性免疫缺陷病是一組由免疫系統的遺傳缺陷而引起的疾病，大約有200多種，其特點是嚴重、反復出現且危及生命的感染。目前的檢測方法包括細胞毒性分析和流式細胞術。
遺傳檢測能協助醫生確定治療策略。然而，與PID相關的基因有200多個，往往不太清楚應當檢測哪些基因。不同基因中的突變可能導致類似的表型，而相同基因中不同部分的突變卻可能出現不同的表型。重要的是，實驗室認證的檢測有時只覆蓋一小部分致病基因，因此檢測需要被分到不同的實驗室。
如今，通過新一代測序，多重診斷分析允許對多個基因同時進行分析。Nilsson認為，這也許是診斷變異的最便宜方法。不過，他也指出，這些基因之外的致病變異就無法被發現。
研究人員利用QIAGEN的FlexiGene DNA Kit從全血中提取DNA。對于某些患者，血液也利用PreAnalytix的Paxgene Blood RNA采血管來采集。然后他們利用Paxgene Blood RNA Kit來提取RNA，其中500 ng用于羅氏First-strand cDNA synthesis for RT-PCR的cDNA合成。研究人員設計出靶向富集分析，覆蓋與PID相關的179個基因的所有外顯子。隨后由GATC Biotech在Illumina的GAIIx系統上開展高通量測序。
研究人員能夠將一些病因不明的病例與已知的基因突變相匹配。兩名個體帶有STAT3基因的突變，兩名帶有lambda 5（IGLL1）基因的突變，還有一名帶有RNF168基因中的兩個不同突變。
根據這項研究的結果，作者建議PID的診斷分兩個階段：首先使用相對便宜且快速的靶向分析，它能解釋大多數疾病，之后對此分析不能分辨的病例進行全外顯子組或全基因組測序。
作者指出，第二代分析技術讓診斷PID的多重檢測更加有用。“利用第二代HaloPlex設計，99.5%的目標區域被覆蓋，而現有分析為98.6%。再加上更好的序列覆蓋度和讀取深度，這將大大改進分析的性能，”作者寫道。
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