Cancer Res：癌癥基因組測序存在大量盲點
日期：2014-11-18 08:45:48
Cancer Research雜志發表的一項新研究，鑒定了四百多個癌癥基因組測序中的“盲點”，這些沒有充分測序的區域隱藏有致癌性的基因突變。
二代測序的迅猛發展，為整個生命科學領域帶來了一場革命。如今，癌癥基因組測序已經鑒定了大量的驅動突變，為癌癥研究和癌癥治療提供了寶貴的信息。
然而，測序技術也有難以解讀的基因組區域。曼徹斯特大學癌癥研究所的研究團隊，希望通過發掘這些盲點進一步解析突變對癌癥的影響，以便能夠更早檢測和診斷癌癥，開發出更好的治療策略。
“癌癥的遺傳學背就像是一本書，我們的測序技術能夠讀取書中絕大部分的內容，但還是有一些頁面被遺漏了，”文章的第一作者Andrew Hudson說。“這些章節可能是無關緊要的，也可能含有重要線索改變我們對整本書的理解。我們只有想辦法開啟這些頁面，才能對癌癥有一個全面的認識。”
CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）和COSMIC（Catalogue of Somatic Mutations in Cancer）是兩個目前最主要的癌癥基因組測序數據庫。研究人員比較了這兩數據庫，發現同一個細胞系里的錯義突變存在著顯著的差異。這個問題的主要原因是，外顯子組中GC含量高的區域沒有得到充分測序。
研究人員根據已知的癌癥基因，鑒定了四百多個始終沒有充分測序的區域（cold-spot），并將它們稱為癌癥基因組測序的盲點。這些盲點位于高度重復的DNA區域，測序在這里很容易卡殼。這種技術缺陷很可能遺漏在癌癥中起到重要作用的突變。
研究人員指出，特異性靶標和測序富含GC的cold-spot，可以在已知的腫瘤抑制子和癌基因中找到新的驅動突變。他們通過新鑒定的PAK4突變證實了這一點。
文章強調，全面評估常用細胞系中的基因組突變，需要比對不同的基因組數據庫。另外，癌癥的外顯子組測序存在盲點，人們可以在這些區域鑒定到新的驅動突變。
