多序列比對是生物信息學中分析同源序列、揭示進化關系的核心手段，選擇合適的工具能大幅提升分析效率與準確性。
多序列比對通過排列多個同源核酸或蛋白質序列，找出其相似區域，為進化樹構建、保守區域分析、功能位點預測等提供基礎。
手動比對50條序列（每條1000bp）需數小時，而我們僅需幾分鐘。
工具通過算法避免漏檢弱同源序列，比人工判斷更敏感。
工具輸出格式統一（如FASTA格式），可直接對接后續分析軟件（如MEGA構建進化樹），形成“比對-分析-可視化”的完整工作流。
快速劃分亞家族，識別家族特有序列motif（如用MUSCLE比對ABC轉運蛋白家族）
比對患者與正常人群的基因序列，定位突變熱點（如癌癥驅動基因的SNP分析）
基于保守序列預測蛋白質二級結構（如通過比對推斷未知蛋白的α螺旋區域）
找到多物種同源序列的保守區，設計跨物種通用引物（減少實驗試錯成本）
比對環境樣本中的微生物序列，評估物種多樣性（處理高通量測序數據的核心步驟）
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